Mombasa wurde im 11. Jahrhundert von Arabern gegründet und entwickelte sich rasch durch Elfenbein- und Sklavenhandel zu einer wichtigen ostafrikanischen Handelsmetropole. Vasco da Gama war einer der ersten Europäer, der im Jahre 1498 in dieser Stadt eintraf.
Anfang des 16. Jahrhunderts. bemächtigten sich die Portugiesen Mombasas. 1698 wurden sie von den Arabern aus Oman vertrieben, aber schon 1741, als in Oman die Dynastie der Bû Sa‘îd (Said-Dynastie) an die Macht kam, erklärte sich Mombasa unter der lokalen Dynastie der Mazrui für unabhängig. Erst 1837 konnten die Bû Sa‘îd ihre Herrschaft über die Stadt nach mehreren gescheiterten Versuchen endgültig durchsetzen.
Seit 1856 gehörte Mombasa zum Sultanat Sansibar. 1887 verpachtete der Sultan die Küste des heutigen Kenia mit Mombasa an die Imperial British East Africa Company. Sie unterstand ab 1895 der Verwaltung des East Africa Protectorate, ab 1920 der Kronkolonie Kenia, blieb aber völkerrechtlich Teil des Sultanats, bis Kenia 1963 unabhängig wurde.
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